Fiscalità

Nuova remunerazione delle farmacie, i chiarimenti Regione Lombardia

Approfondimento sulla nuova remunerazione delle farmacie e i chiarimenti della Regione Lombardia. Focus su IVA, fatturazione elettronica e regime forfetario nel settore farmaceutico.

04 Giu 2026
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In data 8 febbraio 2024 la Direzione generale welfare farmaceutica e dispositivi medici della Regione Lombardia ha emanato una circolare dall’oggetto “Legge di bilancio 2024 – nuova remunerazione delle farmacie”, nella quale si legge che «in riferimento alla Legge di Bilancio 2024 e relativamente alla nuova forma di remunerazione delle farmacie (cc. 225-228), la quota di spettanza, a partire dal 1° marzo 2024, sia per i farmaci di cui alla legge n. 662/96, modificata dalla legge n. 122/2010, sia per i farmaci equivalenti di cui all’articolo 7, comma 1, del decreto-legge 18 settembre 2001, n. 347, sarà calcolata nella misura del 69,65% del prezzo di vendita al pubblico al netto dell’IVA».

I margini delle industrie farmaceutiche e grossisti

Nella nota della Regione Lombardia si legge che «la Legge di Bilancio 2024, c. 228, chiarisce che nulla cambia per la filiera del farmaco e in particolare per i farmaci di cui alla legge n. 662/96, modificata dalla legge n. 122/2010, i margini delle industrie farmaceutiche e grossisti sono fissati nella misura rispettivamente del 66,65% e del 3%». Inoltre «per i farmaci equivalenti di cui all’articolo 7, comma 1, del decreto-legge 18 settembre 2001, n. 347 i margini delle industrie farmaceutiche e grossisti sono fissati nella misura rispettivamente del 58,65% e del 3% e permane la quota dell’8% a favore della filiera quale incentivo alla distribuzione dei farmaci equivalenti in lista di trasparenza che non hanno mai goduto di copertura brevettuale».

L’adeguamento della Distinta contabile riepilogativa (Dcr)

Infine, la Regione ha precisato che «Aria in accordo con le software house che forniscono i gestionali alle farmacie lombarde, ha già provveduto ad adeguare la Distinta contabile riepilogativa seguendo quanto sopra indicato. Qualora dovessero emergere indicazioni diverse da parte degli enti centrali, il Sistema di accoglienza regionale è in grado di gestire eventuali recuperi attraverso meccanismi di rettifica previsti e presenti a sistema».

Non rilevante ai fini IVA la remunerazione aggiuntiva SSN

L’art. 1 comma 532 della L. 197/2022 (legge di bilancio 2023) ha previsto una remunerazione aggiuntiva in favore delle farmacie per il rimborso dei farmaci erogati in regime di SSN.

L’Agenzia delle Entrate, con la consulenza giuridica n. 2 del 15.9.2023, ha confermato la non rilevanza ai fini IVA della suddetta remunerazione aggiuntiva; essa, infatti, può essere assimilata alle precedenti erogazioni previste, ai medesimi fini, dal DL 41/2021 (trattasi quindi di ristoro).

Il contributo, previsto nell’ottica di salvaguardare la rete di prossimità rappresentata dalle farmacie, non concorre alla determinazione della spesa farmaceutica convenzionata, non è commisurato al prezzo dei medicinali – essendo correlato al numero delle confezioni cedute – e non ne modifica il prezzo di vendita al pubblico.

A differenza delle precedenti erogazioni, il citato comma 532 ha previsto che la remunerazione aggiuntiva concorra al calcolo del fatturato annuo del servizio sanitario nazionale. Per tale ragione, raggiunto il tetto di spesa ed esaurite le risorse stanziate, l’erogazione viene interrotta e le eventuali somme elargite in eccesso devono essere recuperate.

L’Amministrazione finanziaria ribadisce quanto affermato nelle risposte a interpello n. 219 e 227 del 2022, ritenendo pertanto che anche la remunerazione da ultimo introdotta possa considerarsi non rilevante ai fini IVA.

Prestazioni sanitarie – divieto di fatturazione elettronica

L’art. 3 co. 3 del DL 30.12.2023 n. 215 (c.d. “Milleproroghe”) rinnova, anche per l’anno 2024, il divieto di emissione di fatture elettroniche, tramite Sistema di Interscambio (SDI), per le prestazioni sanitarie rese nei confronti di persone fisiche.

Nello specifico, il divieto (già previsto per gli anni dal 2019 al 2023) opera:

  • per i soggetti tenuti all’invio dei dati al Sistema Tessera Sanitaria (STS), con riferimento alle fatture i cui dati sono da inviare al STS

(art. 10-bis del DL 119/2018);

  • per i soggetti che non sono tenuti a tale invio, con riguardo alle fatture relative a prestazioni sanitarie effettuate nei confronti di

persone fisiche (art. 9-bis co. 2 del DL 135/2018).

Anche per il 2024, dunque, tali fatture sono emesse in formato cartaceo, o elettronico extra-SDI, in ragione della necessità di tutelare i dati personali legati alla salute dei contribuenti.

Resta fermo l’obbligo di fatturazione elettronica via SDI per le prestazioni sanitarie rese a committenti diversi dalle persone fisiche.

Tuttavia, laddove la prestazione sia materialmente eseguita su una persona fisica, ma la fattura sia emessa in formato elettronico nei confronti di un soggetto passivo (ad esempio la fattura emessa da una struttura sanitaria alla compagnia assicurativa che si fa carico del pagamento della prestazione), il rispetto della normativa sulla privacy comporta che i nominativi dei pazienti non vadano indicati nel documento (cfr. risposta a interpello Agenzia delle Entrate 24.7.2019 n. 307; FAQ Agenzia delle Entrate 19.7.2019 n. 73).

Fattura elettronica forfetari

Ricordiamo che dal 1° gennaio 2024 sono tenuti all’emissione della fattura elettronica via SDI i soggetti in regime forfetario, con l’esclusione di coloro che effettuano prestazioni sanitarie B2C.

Al fine della predisposizione della e-fattura, oltre ai software presenti sul mercato, è disponibile un servizio offerto gratuitamente dall’Agenzia delle Entrate, che permette di generare e trasmettere la fattura via SDI. Inoltre, in considerazione del fatto che l’art. 39 del DPR 633/72 sancisce che le fatture emesse in formato elettronico devono essere conservate in modalità elettronica, i professionisti possono aderire al servizio (anch’esso gratuito) offerto dall’Agenzia sul portale Fatture e Corrispettivi, che consente la conservazione a norma di tutti i documenti transitati dal Sistema di Interscambio.

Con riguardo ai profili operativi, nella predisposizione del file i soggetti passivi devono riportare il codice relativo al proprio regime (“RF19” per i forfetari), mentre nelle operazioni territorialmente rilevanti in Italia dovrà essere indicato, in luogo dell’IVA, il codice natura N2.2 (“Operazioni non soggette – altri casi”). Dovrà inoltre essere compilato il campo “Bollo virtuale” (€ 2,00), qualora i corrispettivi documentati in fattura non assoggettati a IVA superino l’importo di € 77,47.